明朝嘉靖、隆庆年间，中国海防一度出现了严重的危机。具体表现为:一方面是中国的沿海卫所官兵及水师在长期的和平环境下，在各级官吏的腐败统领下，迅速丧失了应有保卫海防的战斗力;另一方面是原有的倭寇、东南亚海盗以及中国海盗的日益猖獗，又加上西方殖民者的大举东来，使得中国海疆受到了东西方外国势力的入侵。因此面对于日趋严峻的沿海形势，明朝政府内部就如何加强海防，抵御外敌入侵进行了长达数十年的争论。最后，基本上达成了共识。即战略上要构建起海洋、海岸、内陆相结合的综合防御体系;要以加强军队防御为主，同时加强经济防御、海岸防御的整体防御。在战争主体上要建立一支强大的水师，水师士兵必须是职业化，技能化，且具有较高的政治素养。在战术上则强调全歼入犯之敌，而不仅仅是将敌击溃。最后争论的结果是明军水师最终得以在较为正确的军事的指导下取得了一些重大的保卫海防战斗的胜利，重新夺回了明政府对沿海地区的控制，并缓解了明代的海防危机。同时明朝嘉隆年间的海防思想争论还为清代、近代以及今天加强海防建设提供了重要的借鉴。