基于高通量测序技术的胆管癌患者肠道菌群多样性分析

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目的:肠道菌群在消化系统恶性肿瘤的发病机制中发挥着重要的作用,然而肠道菌群在胆管癌发病机制中的作用仍不明确,本研究通过16SrDNA高通量测序技术对胆管癌患者与健康人群的肠道菌群物种构成及多样性进行分析,分析胆管癌患者的肠道微生态变化,寻找胆管癌与肠道菌群的潜在关联,为探讨胆管癌的病因、发病机制等与肠道菌群的关系提供一定的理论基础。方法:选取2018年8月到2019年8月就诊于青岛大学附属青岛市市立医院消化内科、肝胆外科的胆管癌患者,共20例,选择同时期行健康查体的20例健康志愿者作为对照组,收集两组人群的粪便标本,提取DNA并进行PCR扩增,对其产物进行纯化、定量和均一化形成测序文库,基于Illumina Hi Seq2500测序平台,采用双末端测序的方法,构建小片段文库进行测序,通过对Reads拼接、过滤,OTUs聚类,进行物种注释及丰度分析,揭示两组人群肠道菌群的物种构成,并进行α多样性、β多样性及组间物种差异性分析等。结果:1.两组样本共得到2534941个有效序列数,其中胆管癌组共获得1272740个,对照组共获得1262201个。2.在门水平上,厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和变形菌门(Proteobacteria)在两组中都具有较高的丰度,其在胆管癌组中的丰度分别为30.66%、20.67%、19.21%,在对照组中的丰度分别为59.84%、12.80%、13.30%。3.在属水平上,两组样本中相对丰度较高的菌属有布劳特氏菌属(Blautia)、拟杆菌属(Bacteroides)、柔嫩梭菌属(Faecalibacterium)、Escherichia-Shigella、uncultured_bacterium_f_Muribaculaceae等,在胆管癌组与对照组中的相对丰度分别为3.33%、3.05%、1.12%、1.30%、4.97%与8.06%、8.25%、8.77%、6.07%、0.28%。4.在Alpha多样性(Alpha diversity)方面,胆管癌组Chao1平均值为806.63±83.31,对照组的平均值为552.99±153.72,胆管癌组Ace平均值为794.98±76.09,对照组为593.82±148.73,提示胆管癌组患者肠道菌群物种丰度较对照组显著增加(P<0.05);胆管癌组的Shannon指数平均值为5.24±0.32,对照组的平均值为3.55±0.71,胆管癌组Simpson指数平均值为0.019±0.017,对照组的平均值为0.0745±0.046,提示胆管癌患者肠道菌群的Alpha多样性较健康人群显著增加(P<0.05)。5.在β多样性分析方面,基于PCA分析、PCoA分析、NMDS分析等多种方法比较两组人群肠道菌群的物种多样性,结果均提示两组肠道菌群物种多样性差异显著。6.在组间差异显著性分析方面,门水平上,胆管癌患者肠道菌群中拟杆菌门(Bacteroidetes)、酸杆菌门(Acidobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)等菌门的相对丰度显著高于对照组,厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)等显著低于对照组,在属水平上,胆管癌患者肠道菌群中柔嫩梭菌属(Faecalibacterium)、布劳特氏菌属(Blautia)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、拟杆菌属(Bacteroides)等菌属相对丰度显著低于对照组,不动杆菌属(Acinetobacter)、螺杆菌属(Helicobacter)等菌属的相对丰度显著高于对照组(P<0.05)。结论:胆管癌患者与健康人群的肠道菌群在物种丰度、多样性方面存在显著差异,肠道菌群失调在胆管癌的发病机制中可能发挥重要的作用。
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