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根非病原细菌可诱使植物产生诱导系统抗病性（ＩＳＲ）。在拟献芥、菜豆、康乃馨、黄瓜、萝卜、烟草和番茄等植物上，已发现根际非病原细菌与病原菌隔离条件下诱导了对真菌、细菌、病毒的系统抗病性。诱导菌株在不同植物品种上表现不同的诱导活性。诱导ＩＳＲ表达的因子包括脂多糖、嗜铁因子和水杨酸。根际非病原细菌诱导ＩＳＲ的途径有所不同，一些根际细菌通过水杨酸途径，，而其它根际细菌则通过茉莉酮酸－乙烯途径诱ＩＳＲ的表达