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统一计算设备架构(CUDA)的提出和图形处理器(GPU)的并行处理能力和数据传输能力,使得基于CUDA架构的GPU高性能计算迅速成为一个研究热点。针对含有大规模分子动力学模拟效率低下问题,提出了一种CUDA架构下分子动力学模拟的新方法,给出了分子动力学模拟的CUDA算法流程,并利用CUDA C实现了并行算法。实验结果表明,与CPU处理速度相比,GPU可以提高速度200倍左右。