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多序列比对（Multiple Sequence Alignment）是进行生物序列分析的最基本任务之一。在对已有的多序列比对算法进行对比分析的基础上，提出了一种新的多序列比对优化算法—带变异算子粒子群多序列比对算法。带变异算子的粒子群算法提高了原有算法跳出局部收敛的能力，将其应用于多序列比对问题中，提高了已有的基于粒子群算法的多序列比对方法的性能，拓展了粒子群算法在多序列比对研究领域中的应用。实验证明，带变异算子粒子群多序列比对算法是有效、可行的。