前不久，巴基斯坦发生的袭击事件数量突然增多，而且组织有序。一些分析人士认为，“基地”的二号人物艾曼·扎瓦希里就是幕后主使。“基地”的战果引起了巴基斯坦总统穆沙拉夫的严重关注，但同时，由于扎瓦希里好出风头、频频在媒体露面，也引起了“基地”内部的恼怒。
　　“基地”组织一个化名奥马尔·法鲁奇的武装分子与一个名叫哈迈特·汗的塔利班成员向美国《新闻周刊》证实，扎瓦希里执意加大对巴基斯坦的暴力袭击，惹恼了其他派别。
　　法鲁奇是“基地”组织在阿富汗加兹尼省的主要联络官，汗是一名塔利班特工，与“基地”组织联系密切。
　　
　　他们说，其他“基地”组织高层人员并不热衷在巴基斯坦境内制造暴力事件，他们担心这样做会招来巴政府加倍还击，更加严厉地控制巴基斯坦与阿富汗边境地带。那样一来，“基地”组织的活动范围会更受限制。
　　
　　“扎瓦希里太极端了”
　　
　　一些分析人士认为，除了对巴基斯坦态度存在分歧，扎瓦希里在其他问题上也令“基地”组织某些派别不满，可能造成内部分化。
　　作为“基地”组织头号人物，本·拉登最近几年露面并不多，扎瓦希里作为二号人物却频频露脸，代表“基地”组织发表声明。今年以来，扎瓦希里至少出现10次，有时候只有声音，有时候还有图像。
　　扎瓦希里的多次露面引起“基地”组织其他派别不满，特别是那些来自利比亚的成员。“基地”组织中的利比亚派在阿布·叶海亚·利比领导之下，此人2005年逃脱美国监禁。
　　扎瓦希里出身埃及，曾领导当地恐怖组织“圣战者”，在20世纪90年代与本·拉登领导的“基地”组织合作。在“基地”组织之中，他领导下的派别人数众多、有更多高级成员，势力明显强于利比亚派。
　　法鲁奇告诉《新闻周刊》，利比亚派“基地”组织成员憎恶扎瓦希里替本·拉登发表声明。他说:“利比亚派告诉我，（本·拉登）教长并没有指定任何继承人，只有美国政府和国际媒体才把扎瓦希里当代理人。”
　　与“基地”组织联系密切的塔利班成员汗说，扎瓦希里与利比亚两派之间如今有“明显分裂”。利比亚派讨厌扎瓦希里狂妄自大、自我为中心的架势，对巴基斯坦的不同看法更加大这一分歧。
　　法鲁奇说，“利比亚派说他（扎瓦希里）太极端了。”
　　关于“基地”组织内部的派系之争，《新闻周刊》援引匿名的“基地”组织消息源说，本·拉登没有做出任何努力结束“基地”组织的“内斗”。
　　因为安全原因，即使“基地”组织高层人员也难得见到本·拉登。“他不想被卷入，”汗说，“他已经够忙了。”《新闻周刊》报道，为应付扎瓦希里与利比亚派的不和，本·拉登通常交给两派不相关的任务，再派几个中间人协调完成。
　　负责制定美国反恐政策的一名匿名高官证实，“基地”组织内部确实存在派系之争，不仅是扎瓦希里与利比亚派不和，来自沙特阿拉伯、中亚等不同地区与国家的“基地”成员之间也有摩擦。他说:“这些家伙对国家概念并非完全免疫。”
　　美国海军研究生学院极端主义专家约翰·阿尔奎拉认为，国别不同只是“基地”组织内部纷争的原因之一，主要分歧集中于“基地”组织的发展方向。
　　阿尔奎拉说:“至于是否要致力于推翻巴基斯坦政府，（‘基地’组织内部）在进行一场深刻讨论。”