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南岭国家级自然保护区鱼类有36种,隶属于4目10科28属,其中以鲤科鱼类最多,占52.78%。有热带平原复合体、江河平原复合体、上第三纪复合体、中印山区复合体构成。植物食性占22.22%,动物食性占13.89%,杂食性占33.33%,碎屑食性占30.56%。有8.34%的种处于濒危状态。