训诂考据是中国的传统学问,自晚清以来,形成了具有实证精神的文献学和考据学。这种朴学治学方法和精神影响了一代学者。但是,这种方法在20世纪40年代之后逐渐被抛弃,甚至受到批判,"以论带史"成为学术界普遍的方法;海外有学者也认为考据训诂不能提出重大原创性观点而轻视其用。王元化晚年对于这种粗疏的带有意识形态化的学风进行了批评,提倡"有学术的思想和有思想的学术",在思想探索中运用具有学术性的研究和探讨,不拘于理论和体系的建立,并以自己的研究和反思而身体力行之,坚守"根柢无易其故,而裁断必出己意"。这种具有朴学特色的治学方法,骨子里上承汉学,下接清季朴学。它既与王元化的学术训练有关,同时也与王元化对于如何继承中国传统的观念有关。这种治学方法,贯串于王元化的反思及学术研究之中,从而有助于形成具有王元化特色的思想史研究、思辨哲学、国家学说研究和古代文艺理论研究,在海内外得到广泛的肯定。