【摘 要】
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目的 通过生信分析筛选参与炎症性肠病-结直肠癌转化的关键基因,并预测具有防治作用的中药。方法 从基因表达综合数据库(Gene expression omnibus database,GEO)下载炎症性肠病芯片GSE75214及结直肠癌芯片GSE44861,使用R软件筛选共同差异表达基因(Differential expressed genes, DEGs);通过STRING 11.0数据库及Cyt
【基金项目】
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国家自然科学基金项目(82074382); 周岱翰国医大师传承工作室项目(20200886); 深圳“三名工程”广州中医药大学周岱翰国医大师中医肿瘤团队项目(201876103); 广州中医药大学一流学科研究重大项目(A1-AFD018181A29);
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目的 通过生信分析筛选参与炎症性肠病-结直肠癌转化的关键基因,并预测具有防治作用的中药。方法 从基因表达综合数据库(Gene expression omnibus database,GEO)下载炎症性肠病芯片GSE75214及结直肠癌芯片GSE44861,使用R软件筛选共同差异表达基因(Differential expressed genes, DEGs);通过STRING 11.0数据库及Cytoscape 3.7.2软件分析DEGs中的关键基因;利用GraphPad Prism 9.0.2软件分别验证关键基因在炎症性肠病芯片GSE9452及Oncomine数据库结直肠癌数据集中的表达情况,最终获得参与炎症性肠病-结直肠癌转化的关键基因。将关键基因导入医学本体信息检索数据库(Coremine Medical),筛选具有防治作用的中药。结果 共筛选出参与炎症性肠病-结直肠癌转化的差异基因173个,筛选并验证后得到9个关键基因,包括CD44、CXCL8、TIMP1、COL1A1、CXCL1、MMP3、PTGS2、MMP7、SERPINE1,其生物作用主要涉及细胞外基质形成与降解、炎性反应、血栓形成。筛选得到包括黄芩、大黄、山慈菇等在内的具有防治炎症性肠病-结直肠癌转化作用的中药共58味。结论 基于生信分析初步预测得到参与炎性肠病-结直肠癌转化的关键基因及具有防治作用的中药,可为相关中药新药开发提供靶标及研究思路。
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