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本文通过对广东省科技经费在科研机构、高等院校和企业三类主要执行部门的配置结构的研究，分析了三类执行部科技经费的使用效率。广东省在使用效率高的科研机构和高等院校经费的投入偏低，配置结构不合理，导致全省科技经费使用效率不高。对此，高等院校和科研机构应该主动拓宽筹资渠道；同时，加强高等院校、科研机构与企业的合作；继续保持企业在科技经费投入的主体优势，优化科技经费结构，提高使用效率。