引物延伸预扩增结合简并引物PCR在单细胞比较基因组杂交分析染色体异常中的应用

来源 :中华医学遗传学杂志 | 被引量 : 0次 | 上传用户:A55190684
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目的 建立一种可信的单细胞全基因组扩增(whole genome amplification.WGA)技术,结合比较基因组杂交(comparative genomic hybridization,CGH)分析单细胞的染色体拷贝数变化,探讨其在胚胎植入前遗传学诊断(preimplantation genetic diagnosis,PGD)中的应用前景.方法 采用引物延伸预扩增结合简并核苷酸引物PCR(primer extension preamplification with degenerate oligonucleotide primed-PCR,PEP-DOP-PCR)的方法,扩增12个已知核型的单细胞标本(包括5个绒毛标本、4个干细胞标本和3个淋巴细胞标本)和4个经PGD检测发现染色体异常的单卵裂球标本,将扩增产物标记红色荧光染料后,与标记绿色荧光染料的正常DNA等量混匀,与正常中期分裂相进行比较基因组杂交分析.同时,应用单纯的简并寡核苷酸引物-PCR(DOP-PCR)扩增10个单细胞DNA,标记后进行CGH分析.比较两种单细胞全基因组扩增方法的扩增效率及随后用于CGH分析染色体拷贝数时的准确性.结果 所有的单细胞采用PEP-DOP-PCR扩增时,均能获得稳定均匀的PCR产物,片段大小范围在100~1000 bp之间,集中分布于400 bp左右的区域,CGH分析结果显示染色体拷贝数变化与其它技术检测的结果一致.而10个单纯的DOP-PCR扩增只有6个标本成功,扩增产物进行CGH分析时,杂交信号不均匀,有2个显示与其它技术分析的结果不一致.结论 PEP-DOP-PCR技术能有效地扩增单细胞的全基因组DNA,其扩增产物可应用CGH技术成功检测单个细胞的染色体拷贝数变化,而单纯的DOP-PCR技术易于出现扩增失败、扩增产物杂交后信号不均一的缺点.PEP-DOP-PCR全基因组扩增结合CGH技术在胚胎植入前遗传学诊断中有良好的应用前景.
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