为落实2004年国务院办公厅《关于加强生物物种资源保护和管理的通知》,2004年起,环境保护部(原国家环境保护总局)组织相关部门和机构开展了全国生物物种资源调查.第一阶段(2004~2009年)开展了全国生物物种资源编目和重点类型物种资源和重点地区的生物物种资源调查,评估了中国野生高等植物和陆生脊椎动物的受威胁现状,编制了《全国生物物种资源保护与利用规划纲要》等;第二阶段(2010~2011年)针对《中国生物多样性保护战略与行动计划(2011~2030年)》确定的35个生物多样性优先区,开展了对部分地区的试点示范调查,即以县域为单元的生物多样性综合调查,目的是通过示范调查取得经验,以便在全国大规模推广.示范调查包括横断山南段优先区内的云南滇西北地区18个县、大明山地区优先区内的桂西南石灰岩地区4个县和南岭地区优先区内的贵州黔东南地区4个县,以及对澜沧江、松花江干流、嫩江干流以及北部湾(广西段和广东段)潮间带水生生物物种资源调查与评价.调查结果表明,我国生物多样性本底仍然不清,物种分布数据信息缺失严重,新物种、中国新记录或省级新分布物种大量存在;同时,由于管理上的漏洞,导致生物物种资源的丧失与流失的现象依然严重.建议进一步开展以县域为基本单元,在生态系统、物种和遗传资源三个层次进行生物多样性综合性本底调查和编目,并建立以县域为单元的生物多样性数据库,同时建立生物多样性监测和评估体系,为生物多样性的保护和可持续利用提供坚实的、持续的和稳定的基础数据支撑.