【摘 要】
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单体型能提高复杂疾病全基因组关联分析的能力,可直接用生物实验测定单体型费用太高.随着DNA测序技术的发展,计算机算法被广泛用于从个体基因组测序片段上构建单体型,即单体
【基金项目】
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国家自然科学基金项目(61070145)资助
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单体型能提高复杂疾病全基因组关联分析的能力,可直接用生物实验测定单体型费用太高.随着DNA测序技术的发展,计算机算法被广泛用于从个体基因组测序片段上构建单体型,即单体型组装.最大片段割是最近提出的一个单体型组装优化模型,是NP-难的,目前没有实用精确算法.最近参数计算理论利用实际计算中的小参数特征为NP-难问题求解提供了一条新思路.本文根据实际测序数据覆盖了两个或多个杂合单核苷酸多态性位点(SNP)的片段的测序深度较小的特点,对跨一个具体SNP位点的所有片段划分进行枚举,提出一个参数化的动态规划算法求解其精确解.大量测试结果表明该算法比已有的启发式算法有更高的单体型重建精度.
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