产教融合，按照企业的需求“量身定制”毕业生，是南通科技职业学院人才培养的一大特色。“学校融入区域发展，专业融入产业发展”，南通科技职业学院将产教融合作为重要发展战略。2014年10月，自南通农业职业技术学院更名为南通科技职业学院以来，学校快速走上转型升级之路，将提升产业服务能力作为学校跨越式发展的核心。在专业建设上，学校做好“加法”、“减法”和“乘法”。“加法”，即依据南通现代农业、南通陆海统筹战略等，增加学校特色专业课程，转化、推广技术研发成果；“减法”，即适度减少理论课程，降低脱离地方发展的理论课程比重；“乘法”即通过对课程板块的优化组合，积极开发电梯维修、汽车维修等新兴专业，实现累积效应。对接南通现代农业产业，学校采取“品种 技术 基地”套餐式服务模式，创新“县村—学院—种植户”联动服务机制，仅2014年便示范推广新品种30个、新技术20多项，先后选派30多名教师驻企业（村）开展技术指导和技术培训，为200个示范户顺利实现了产业调整，培育10个“一村一品”特色村。此外，学校与李开复的创新工场合作，建设南通大学生创新创业孵化服务平台；与海安县雅周现代农业园区共建产学研合作示范基地；与市科技局、农委合作建设南通市科技服务超市和南通“智慧农业”大数据平台。学校设有8个校内企业专家工作站、4个企业教师工作站、6个“校中厂”、2个“厂中校”、206家校企合作单位，“产学研合作，校企岗直通”的产教融合格局初步形成。