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利用简单重复序列区间（ISSR）技术分析来自不同国家的56份胡椒种质资源的遗传多态性。结果显示：7条引物共产生141条清晰的谱带，分子量在0．2—3．0bp之间，多态位点百分率达100％，在一定程度上说明胡椒资源遗传的复杂性和多样性。在相似性系数约为O．51的水平上将56份资源聚为3个类群，与基于ITS的研究结果类似。大胡椒与其它种质的亲缘关系均比较远，显示出其明显的差异性和独特性，与其形态学分类结果一致，同时支持将顶花胡椒、光轴苎叶蒟归入苎叶蒟，光茎胡椒作为一个变种。