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行政许可法生效后,水污染物排放许可受到单行法和行政许可法的双重制约,因此有必要协调单行法和行政许可法的关系。除了可以成为特别规定的外,单行法的规定应当依照行政许可法作出修改和完善。依照行政许可法,水污染物排放许可单行法需要在许可实施事项、排污总量控制指标初始分配、排污总量控制指标转让三个方面进一步完善。