全要素生产率是衡量企业要素转化能力的基础性指标,能反映公司治理效率和经营管理水平的变化,有关终极控制股东的治理因素与其存在一定的内在联系。建立平衡面板数据模型,使用2003年～2007年中国制造业上市公司的实证数据,研究终极控制权、终极控制权与现金流权分离程度、终极控制股东类型对公司全要素生产率的影响。研究结果显示,终极控制权在低水平时与公司全要素生产率正相关,产出增长效应占优;在高水平时与其负相关,产出替代效应占优,两者呈倒U型曲线关系。当产出增长效应向产出替代效应转化时,政府控制的公司转化的临界值最高、其他类型的次之、自然人或家族的最低。终极控制权与现金流权的分离程度、政府终极控制股东对公司全要素生产率均有显著负向影响。建议完善公司治理机制,提高终极控制链的信息披露质量,对终极控制股东形成有效监管,加强产出增长效应,弱化产出替代效应,以提升公司的全要素生产率。