产业结构的不合理已经成为我国经济增长中的突出矛盾，制约我国经济的持续发展。党的十五届五中全会提出以经济结构调整为主线促进经济发展的目标。“九五”以来我国产业结构调整取得了一定进展，但问题依然突出，主要表现在；1．市场集中度低，没有形成规模经济效益；2．产品结构不合理，集中在低附加值的产品上；3．地区产业结构趋同化，低水平重复建设严重：4．国有资产质量差，资源配置不合理。
　　
　　一、制度约束对产业结构的扭曲效应
　　
　　1．片面强调速度的增长方式对产业结构的扭曲
　　自从1998年开始实施积极财政政策以来，我国累计发行用于国债建设项目的特别建设国债已达到5100亿元，加上更大规模的项目配套资金，对通过扩大投资需求来拉动经济增长，但现存的国债投资体制又加剧了产业结构的扭曲：(1)现行的国债投资依然是政府安排投资计划，进行项目审批，积极的投资方式与市场经济按市场配置资源的要求之间摩擦日益增大，在审批时很少考虑项目的投资风险，并且项目超预算严重，效益低下，甚至建成之日既是企业亏损之时；(2)国债投资管理政出多门，由于部门利益冲动，造成投资外延化不断扩大，新项目摊子越来越大，分配资金却严重分散，投资技术含量低，技术改造力度不足，依然存在投资的重外延、轻内涵问题；(3)投资的地区分布上偏向城市地区，向农利地区的投资少，加剧现有的城乡：：元结构矛盾；(4)国债投资项目一般金额高、门槛高、政策严，对民间投资进入有很多限制，难以起到对民间投资的拉动和示范效应。
　　白“九·一一”事件后，我国取代美国成为世界上引入外资的头号大国，仅2001年就引入外资527亿美元，外商直接投资成为拉动我国经济增长的又一主导性投资力量。然而引进外资并未有效的促进我国正规制造业的升级与扩大，反而出现了外资代替本国正规制造业的结果，本国正规制造业处于明显的相对萎缩中。本应是正规制造业补充和配角的非正规工业生产活动却“喧宾夺主”，而“主角”由附加值低、技术工艺简单的非正规工业替代说明了本国制造业的整体素质弱化。
　　外资在我国的两个“替代效应”原因在于：(1)我国的对外引资由政府主导，地方政府出于征集目标片面追求引资的数量，对引资门标不清楚，存在“为开放而开放、为引资而引资”的局面，对引入的技术消化吸收也很滞后，用于消化吸收的资金只占引进资金的1/3，而日、朴用于消化吸收的资金却三倍于技术引进资金；(2)对外资开放的同时却采取对民营企业歧视的政策，据统计存在有23个行业允许外资进入却对民营企业设置各种障碍。 (3)各地的政府对外招商过程中为了引进外资，给予外资过于优厚的待遇，提供各种超国民待遇的政策和税费优惠，使其实际负担成本远低刁：国内企业。并且外资进出口加工企业大部分利用优惠政策从事的是技术简单、劳动密集型的出口导向型生产，从事高技术晶生产企业虽进口的产品零部件技术含量高，但在中国的加工装配工艺技术含量不高，需要的是大量的低工资熟练工，对国内相关产业带动作用有限。
　　2．国有企业的产权改革与产业结构调整未能有机结合，缺乏有效的微观市场主体
　　国有企业的产权改革对于实现国有经济布局的战略调整，建立现代企业制度有重要的意义，是国有企业保持良性发展的前提条件。然而旧有的国有企业的产权特征(政府的附属)决定了难以在产权改革中实现产业结构优化调整：(1)要达到在产权改革中实现产业结构的调整优化，就必须要以企业为单位按照市场原则对国有存量资产进行调整重组，现实的情况决定了普遍的情况是以政府为主导的“拉郎配”，强迫本地的优势企业去兼并亏损乃至资不抵债的企业，使原本应该退出市场的企业继续存活而优势企业则背负沉重的负担；(2)由于中央地方、各地区之间利益矛盾的存在，是各地区按自身优势以自我为中心进行的资产重组和国有经济结构调整却与国有资产在全国范围的优化配置背道而驰；(3)已经上市的股份制公司的国有法人股难以流通，是我国资本市场发展的一大桎梏，违背了通过资本市场实现对国有资产优化配置的初衷，大量的国有资产不能在有序的流动中保值增值，呈现凝固化状态；(4)现有的国有资产运营主体(企业集团公司、国有控股公司、投资公司)在授权范围内对国有资产依法自主经营，但国有资产运营主体之间缺乏有效的竞争，并且国有资产运营主体多是由原有的行业管理部门、国有企业转化而来，地域、行业、历史的局限使已有国有资产运营主体难以实现跨地区、跨行业、跨所有制资产兼并、重组，并不是市场所需的有能力、高效率、能从战略高度进行资本运营的主体。
　　3．地方利益的存在造成难以形成统一、高效的商品和要素流动机制
　　分税制改革以后，地方政府的利益得到调动，为了追求自己的财政收益，地方政府强化对经济的干预，在促进地方经济发展的同时也带来了诸多问题：(”重复建设问题，地方政府为了追求高的收益，对于支柱产业的选择集中在电子、汽车、机械、化工等高利润率的行业，国家相关产业政策受到地方利益的约束很难收到预期效果。(2)地方保护主义对外地的商品进行封锁问题。由于地区经济发展差异的客观存在，一些地方政府眼中税、利大户企业与外地的优势企业在竞争力上有较大的差距，为了保证当地政府的税收和社会稳定，对于外地商品的本地销售设立了重重壁垒或者是直接的封锁。(3)产权市场的分割问题。能够上市的国有企业只是少数，绝大多数国有企业的产权改革依托于产权市场进行。
　　4．行政垄断的广泛存在
　　行政垄断是指以行政权力而引发的经营性垄断。我国实施市场经济的时间相对较短，由纯粹市场竞争作用形成的垄断并不是我国垄断的主要形式，目前在我国存在的垄断主要是行政性垄断，即依托于政府对某些行业的市场禁入权力而产生的。行政性垄断主要包括以下几个方面：(1)事业垄断，如电信、航空、铁路等经营行业；(2)金融垄断，不允许民营资本进入金融领域；(3)中介机构垄断，市场经济所必需的律师、会计师事务所实际上是由政府审批和管理的，中介机构实际上对管理它的政府负责；(4)精神产品生产的垄断，媒体、文艺、教育都是由政府主导的事业性单位生产的。行政性垄断限制投资者自由进入各个产业投资领域，违背了市场经济资源流动的竞争原则，并造成政府将权力寻租产生腐败行为。行政性垄断集中的服务性领域，也是我国第三产业发展滞后的根源。
　　
　　二、制度创新与产业结构的合理化
　　
　　产业结构是否能合理调整，取决于制度效率，制度效率来源于制度创新，来源于制度与产业结构的相互作用。
　　1．规范政府管制，明确政府管制界限，避免政府过度干预。
　　政府干预过多导致产业竞争力不强、产业素质难以提高，有必要对政府的行为进行规范。首先政府必须转变高速度的增长方式，将经济增长的成果汇集中下阶层，释放出民间消费和投资能力使经济增长获得长期稳定的支持。其次要打破行政垄断，把政府的管理经济职能明确为企业造就条件和环境，而不是介入市场竞争中，要立法对自然垄断行业明确界定，消除行政垄断根源。最后要协调中央与地方政府之间利益、地方政府之间的利益，以立法的形式对政府的职责、权限做出明确的规定。
　　2，将国有企业的产权调整与产业结构调整有机结合，培育合格的战略投资者。
　　企业是构成产业的微观主题，产业结构的合理化也就是各产业之间比例关系、有机联系的相互协调发展，只有合格的市场主体才有能通过市场机制进行产业结构的合理调整，必须发挥企业在产业结构调整中的主体作用。鼓励有远见的战略投资者和培育大型国有现代资本运营主体，运用产权手段对产业进行高效率的整合，进行产业内部要素资源的合理配置，购置有国际竞争力的市场主
　　3．建设制定与执行产业政策的制度。
　　有效的产业政策对于产业结构优化有积极的作用，然而我国的产业政策在制定上没有制度化、法律化，并且重制定、轻执行，必须：(1)强化产业政策的实际约束力；(2)划分中央政府与地方政府在制定和执行产业政策权限，使地区产业规划和国家产业规划、各地区之间的产业规划相互协调；(3)制定产业政策时，必须从经济角度出发，避免对民营企业进入设置歧视性壁垒；(4)注重引导作用，促使产业政策对产业结构升级作用长期化、全局化、制度化。
　　4．鼓励海外投资并带动国内产业结构升级。
　　我国一些产业由于重复建设出现生产能力大于消费能力的矛盾在短期难以解决，鼓励海外投资实施“走出去”战略是必然的选择。海外投资可以进入国际市场消化过剩的生产能力，发展具有比较优势的劳动密集型产业，带动国内就业增长；在发达国家海外投资树立良好的晶牌形象、控制国际销售渠道，可以融入世界产业分工链条；可以通过海外投资的技术交流获取国内产业结构升级所缺乏的关键技术，以全球化带动国内产业升级。
　　5．制度创新与科技创新相结合。
　　不利于科技转化为现实生产力的制度延缓了我国产业结构的质量和提高。我国的科研人员70％集中在院校、科研机构和事业单位，远离市场，科技成果商品化程度低，风险投资发展滞后，真正从事高技术行业的企业太少，现有企业的研发投入远低于发达国家甚至发展中国家的普遍水平。这是我国的产业核心技术受制于人，难以通过自身技术创新实现现有产业结构升级和新产业的开辟。必须加快知识的市场化进程，把科技创新和制度创新相结合。尽快形成建立自主科技为起点、新型产业的快速发展、传统产业改造的产业内生提升机制。