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鄱阳湖生态经济区发展战略的核心问题是如何构建具有区域特色和优势科技创新体系，以增强区域自主创新能力，带动生态与经济共同发展。本文在运用SWOT分析法对鄱阳湖生态经济区科技创新体系建设的优势、劣势、机会和威胁进行定性分析的基础上，将AHP方法运用于SWOT分析之中，建立SWOT定量分析模型，对该地区科技创新体系建设的战略选择进行分析，提出了提升企业技术创新能力、充分发挥高校与科研机构的知识源泉作用、扩大产学研合作、加强中介服务体系建设等对策和建议。