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选取山茶属14个组中的10组21种植物对目前常用于属内种间的4个DNA片段（ITS、waxy、trnL-F、rpL16）进行序列测定。结果表明：（1）来自叶绿体基因组的2个片段（trnL-F、rpL16）其PCR扩增和测序都很容易，但两者的进化速率都非常慢，序列矩阵只有很少信息位点（trnL-F含9个，rpL16为20个），不能提供必要的系统发育信息。（2）来自核基因组的ITS片段其PCR产物比较容易获得，但其序列的测定存在较多问题。（3）waxy是来自核基因组的另一个片段，其PCR扩增因受模板DNA的数