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以Web of Science及ESI为统计源，选择中医药院校代表性高校南京中医药大学ESI学科排名前列的临床医学、药理学与毒理学、化学3个学科为主要研究对象，对其近10年的论文进行统计分析，通过对这3个学科的论文产出、总被引频次、发文期刊等进行了评估分析。结果发现南京中医药大学近年来学科的科学研究越来越活跃，学科生产力显著增强，影响力不断扩大，处在一定的快速发展期；但学科缺乏顶层设计与战略布局，学科创新与高影响力不足。结合中医药学科自身的特点，提出了中医药院校学科建设与发展的一些认识及建设性思考。