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统计了110族同源蛋白质的多重结构联配结果,得到了局部环境依赖的氨基酸相似分数表。按此表可实施快速和优质的蛋白质结构刚性叠加,用于蛋白质工程。跟目前最好的遗传算法比较,此法可达到相同的品质(尽可能多的拓扑等价残基对和尽可能小的均方根距离),但CPU时间降了1个到2个数量级,对大蛋白更为明显。