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16株1979～1992年H3N2亚型流感病毒株HA1基因核苷酸序列分析表明，HA1基因长度均为984个核苷酸，共编码328个氨基酸。随病毒株出现时间的推移，HA1基因间核苷酸替换数增加。在14年内，不同病毒株间共发生了83个核苷酸位点的改变，其中68.7%发生在嘧啶碱与嘧啶碱和嘌呤碱与嘌呤碱间各自互换。83个核苷酸位点的改变仅导致毒粒HA1蛋白分子上30个氨基酸位点的改变，说明流感病毒毒粒HA1基因与其他基因节段一样，其核苷酸序列的改变，多数也是由于毒粒RNA复制中缺乏在DNA复制酶中所发现的核对活性。在30个氨基酸位点改革中，三分之二以上是发生在毒粒HA1蛋白分子的抗原决定簇（A、B、D和E）上，这清楚表明了，毒粒HA1基因上编码子的改变，主要是人群免疫压力所造成。然而，无一个发生在半胱氨酸位点上，表明16株病毒HA1蛋白分子上二硫键位点均相同。同时发现了，1987年后出现的H3病毒株的HA1蛋白分子上比A/曼谷/1/79（H3N2）病毒株多一个糖基化点，而且氨基酸替换速度比1968～1979年H3病毒株慢，分别为0.5%和0.7%氨基酸改变／HA1区／年。证实了相似时间、不同地区可分离出HA1蛋白结构相同的病毒株，而相似时间，同一地点也可分离出HA1蛋白结构不同的病毒。
毒粒HA1基因发生学分析表明，1979年以后出现的H3毒株仍按一根主干进化，而1989～1990年进化树变成了两个分枝。