影片主要讲述了四个男女之间的悲壮、无奈的爱情故事，陈秋水和王碧云真心相爱却远隔万里无法团聚，王金娣疯狂爱上化名为徐秋云的陈秋水，但陈秋水心里却一直装着王碧云，直至王金娣追他到西藏并向他深表爱意后才在等待无望的情况下接受了王金娣，而在台北等待和寻找陈秋水的王碧云身边一直都有一个死心塌地的追求者——薛子路。好像整个故事都没有现代女孩孟晓芮什么事。但事实上，孟晓芮才是整个影片中最关键的人物，作为王碧云晚年时期的养女，正是她带着对故事的好奇和疑问将故事引出，并且非要问个究竟查个水落石出不可。如果不是她四处奔波“寻找”故事，上述四个男女之间复杂的爱情故事也许永远都不会完整地呈现在人们的面前。即使是王碧云的回忆。也都是在孟晓芮的一次次询问下而展开的，是孟晓芮“寻找”过程的一部分。影片开始时孟晓芮的两个问题——在人世间，把生者和死者隔开的是什么?把相爱的人隔开的是什么?——正式唤起了王碧云的回忆。从而也就正式拉开了整个爱情故事的序幕。由此可见，影片采用的是倒装的叙事结构。从21世纪的今天一下子就回到了20世纪40年代，但是故事并没有就此平铺直叙，直至故事内容的全部完成，而是断断续续，一会回到现代。不忘展示孟晓芮的“寻找”过程，一会又转回过去，继续叙述尚未完成的爱情故事，就这样反复多次，前后颠倒，错落有致，不仅造成了陌生化的效果，同时也设置了重重悬念。比如对陈秋水遇难经过的处理，首先是一位当地人向孟晓芮介绍陈秋水和王金娣夫妻二人遇难的地点，当他说到“他们就是在那个地方……”时。镜头就突然转到20世纪六十年代王碧云第一次得知陈秋水的消息时的情景，她收到一封日本朋友的来信，急忙看过之后却悲痛欲绝。然后精神恍惚地走上楼去，当时在场的薛子路捡起掉在地上的书信，细细阅读，但当他读到“有一个消息刚刚得到证实……”的时候，突然鼻血流了出来，滴在书信上，然后就听到楼上王碧云撕心裂肺的哭声，阅读就此中断，于是陈秋水遇难的情况再次被搁浅。接下来镜头又被拉回到孟晓芮和陈秋水的儿子陈昆仑谈话的情景。影片连续多次制造悬念，始终不肯交代陈秋水遇难的经过，就在观众焦急心理达到极点时，影片才将镜头转换到陈秋水夫妇遭遇雪崩时的情景。
　　与频繁的时间转换直接相对的是空间的不断转移。影片中，孟晓芮为了“寻找”故事的踪迹，不惜展转多个城市。踏遍当事人几乎所有的足迹。影片一开始，孟晓芮在和远在美国纽约的养母王碧云通电话时说她正在香港，可当她下一次出场时就已经来到了上海。等到第三次出场时，她又说她刚刚飞到台北，再后来她又来到了西藏，找到了陈秋水和王金娣的儿子陈昆仑，并在那里结束了她的“寻找”之旅。同时也完成了她的小说——《云水谣》的写作。地域十分浩瀚广阔，空间转移也非常迅速频繁。与故事当中频繁的空间转换相互对应。故事中当事人的足迹也同样超越了空间的限制。从台北到大陆，再到朝鲜半岛，再到西藏高原，最后又转到美国纽约。这空间的广阔，足够让你放飞你任何的思绪。一道有形的海峡隔开两岸半个世纪的时候，也隔绝了多少苦恋，分离了多少骨肉。此时，也许能够回答影片开头孟晓芮提出的那两个疑问，事实上，正是这道有形的台湾海峡隔开了生者和死者，隔开了相爱的人。而这次孟晓芮的“寻找”正好可以填补这个隔阂，让不同的地域毫无障碍地接合在一起，为生者和死者之间以及相爱的人之间打开一条便利的通道。
　　如此频繁的时空转换，不仅给观众带来非凡的视觉效果，同时也让观众深刻感受到故事和“现实”的强烈对比与反差。即使是出其不意的时空交错，也不会让观众混淆时空、眼花缭乱。每当回到现代，影片都会给人一种现代化的生活氛围，比如酒吧，手机，无线网络，香烟，啤酒等等，这与故事中的政治高压下的紧张气氛，朝鲜战争场面，两岸的隔阂等形成鲜明的对比，特别是在对待爱情的态度方面更是不可同日而语。正如影片中孟晓芮所说的。现代社会到处都是小心眼的男人和势利眼的女人，像陈秋水、王碧云那样的“稀有品种”已经灭绝了。在影片中，不仅仅只有孟晓芮一个人在“寻找”，故事中的人也在“寻找”。陈秋水和王碧云离别后。两人都在一边等待，一边“寻找”，陈秋水到杭州美院和厦门大学去“寻找”王碧云的档案，希望能够发现她的踪迹。王碧云则是千方百计托日本和香港的朋友“寻找”陈秋水的下落。而王金娣为了“寻找”陈秋水。不惜背着父母跑到西安，最后又追至西藏。他们都在死心塌地地“寻找”，“寻找”他们的爱情，“寻找”他们的幸福，只是有的人“寻找”到了，有的人永远都没有“寻找”到。这种“寻找”正是孟晓芮所羡慕和追求的，也是孟晓芮不辞辛劳“寻找”故事的原因之一。但是她知道。在现代社会再也没有这样的爱情了，故事中的“寻找”也不会再出现了。因为像故事主人公那样的人已经绝种了。那种古典主义的爱情只能成为遥远的回忆和梦想，那种苦涩悲情的“寻找”也只能成为历史的足迹和体验。孟晓芮正是出于对现实的失望与无奈，才想要“寻找”故事，踏上先人的足迹，重新体验他们的古典主义爱情。这也是一个故事，一个“寻找”先人爱情轨迹的故事。一个“寻找”理想爱情的故事。因此，从整体上来看，影片就呈现出故事之中套故事的结构形式。这也就为影片中错落有致的时空转换提供的基础和依据。
　　《云水谣》缠绵悱恻、苦涩悲凄的多角恋爱不会超过琼瑶式的电视剧。它的宏大场面和制作工艺不会超过张艺谋的电影，但是频繁、错落的时空转换却让这部影片在观众心目中留下了深刻而独特的印象。这又归功于影片中“寻找”这一意象的设置，故事外的人“寻找”故事，故事里的人“寻找”爱情，最终形成故事之中套故事的结构形式。