在地缘关系方面，董建华的着眼点是粤港合作。1997年底，董特首在深圳会见广东领导人时，提出了建立“粤港合作联席会议”的建议，得到了广东省的热情回应和中央政府的首肯。1998年3月30日，粤港双方在广州召开了首次会议，之后的9月23日，双方在香港举行了第二次会议，
　　但是粤港联席会议10年下来成绩有限。早在1999年，暨南大学的封小云教授就坦率地指出，“1997年粤港两地均有这样一种反映，即内地与香港的经济交往被卡紧，合作推进十分困难”，“粤港之间经济资源的流动在这种比97前还要收紧的管制之下，其合作的推进与提升只能停留在人们的愿望之中，这也就不难解释为什么即使在两地政府的积极参与与推动下，合作的僵局也无法打破。”事实上之后的几年粤港联席会议越开越乏味，2002~2003年甚至停开了一年多。
　　被限制在粤港联席会议的框架下，深圳其实甚为不满。至少在2003年之前，粤港能谈的事情，包括口岸、简化通关手续、交通基建、供水等，绝大部分是深圳与香港两个城市之间的事情，但都必须通过粤港之间来谈，这使得效率大打折扣。
　　深圳市科协副主席张克科在其博客上讲过这样一个例子：1999年，粤港之间决定在信息化方面开展合作，具体就是从香港的互联网国际接口，拉一条线到广东省这边，深圳提出，转过来以后能不能在福田下一个支口到深圳，香港说可以，广东省说不行，要先到广州再转过来。结果到了广州之后，8年之后到现在都没有转到深圳来。
　　2006年3月，广东省“两会”通过了雄心勃勃的广东省“十一五规划”，斥巨资兴建以广州为中心、辐射周边省份的交通网；同时，在已经发展的轻工制造业、IT产业，正在发展的汽车、石化、钢铁等重化工业的基础上，广东提出了加速发展服务业和创意产业的目标。事实上，随着广东经济的高速增长，其产业结构调整和产业升级飞快进行，广东已越来越不需要香港，其推动粤港合作的内在动力不足。可以说，广东并不像深圳那样需要香港。
　　香港人这才明白过来，某种程度上，广东可以抛开香港自己建构一个完整的产业链和基础设施网络。2006年4月，香港政务司司长许仕仁发出了“边缘化”的警告。
　　其实陷入边缘化危机的不止是香港，还有深圳。相邻的两个城市有可能成为“难兄难弟”，难兄难弟需要团结起来。但是直到曾荫权在竞选政纲中的提法，才将之上升到战略层面。
　　
　　深圳握着解决香港困境的钥匙吗？
　　
　　“共建国际大都会”意味着双方有可能从过去的深圳单相思，走向热恋阶段。热恋的过程，其实也将是双方形成共识的过程。在此之前的近30年时间的合作，深圳固然受益匪浅，香港亦从中受益。
　　上世纪90年代末，香港制造业完成北迁之后，经济实已陷入困境，深圳所提出的各种深港合作计划，不单没有让香港人看到帮助自己走出困境的希望，反而让香港人觉得，深圳仍寄希望于从香港吸取血液，这使得香港亦视深圳为一个潜在的或直接的竞争者。其实深圳人需要一种新的描述方式，向香港人表明，深圳握有解决香港困境的钥匙。
　　香港的困境主要表现在制造业北迁之后，产业结构发生巨大变化，第三产业占GDP90%~95%之间，制造业减小到微不足道的地步。而作为服务中心，香港与它的经济腹地之间的联系出了问题。香港的两个主要经济腹地，中国大陆和东南亚，在东南亚，新加坡成为了香港主要的竞争者；在中国大陆，中央政府在90年代末向全球表明了支持上海的政治意志，在华南地区和珠三角，广州和深圳亦渐渐成长为有力的竞争对手。
　　
　　“它既可能是在华南区域内成功破解中国产业自主创新难题的解决方案，亦可能是香港和深圳避免在整个区域内被边缘化的灵丹妙药。”因此，当深圳向北京和香港推销这个颇具新意的计划时，反应都相当热烈。
　　2006年3月6日，在北京的全国“两会”上，3位重量级人物，包括原香港科技大学校长吴家玮、原深圳市市委书记厉有为、现任深圳市政协主席李德成，共同提出提案向中央政府建议深港两地共同建立“深港创新圈”。
　　与以往香港对深圳的频繁“求爱”态度暧昧迥然不同的是，香港各有关机构对这次“求爱”作出了热烈的反应：9月21日，香港工商科技局常务秘书长何宣威公开向媒体宣布，香港和深圳将签订“深港创新圈”计划的协议。
　　为何香港政府此次反应迅速而热烈？笔者以此问题咨询香港科技园副总裁张树荣先生，他的回答是：香港政府现在看到了，我们和深圳，两地不可以独立生存，必须结成联盟。
　　张树荣这样理解：“香港有数家亚洲一流的大学，有把高科技研发变成商品的优势，又可以提供便利的融资条件；深圳有很好的高科技产业基础，又可以招募大陆的优秀人才，两地互相利用两地的好处，变成了一个联盟，可以是研发在香港，制造在深圳。”
　　“香港 深圳，这样可以给外国的科技公司，给中国的创业公司，一个很好的选择，让他们有信心：上海能满足他们的，香港 深圳同样可以满足他们，上海不能满足他们的，香港 深圳仍可以满足他们。”张树荣直言：香港和深圳，不要看作两个点，可以看作是一个点，就可以是一个龙头，再加上珠三角、广佛都市圈，由南向西，带动泛珠三角经济起飞，这是香港可以为国家做的事情。
　　2006年7月，深港产学研基地设立“深港发展研究院”。香港9所大学中，已有5所主要的大学入驻深圳虚拟大学园，并在深圳建立了10多个专业技术研发中心。
　　2006年3月21日，香港科技园、深圳高新区、西安高新区签署协议决定建立“紧密合作关系”。据张树荣介绍，在香港科技园为内地提供服务的58个项目中，有42个是深圳企业的项目。
　　2006年6月，深圳市政府和香港中文大学签署了全面合作备忘录，香港中大并与中国科学院、深圳市政府合作，在深圳建立中科院先进技术研究院。
　　“谈了这么久，该成家了，该准备嫁妆了，”深港产学研基地副主任张克科戏言，“现在深港创新圈还在恋爱期，还没到结婚期。”
　　有一个无法回避的问题：现在，深港创新圈是一个概念、是一个行动纲领还是一个实体？从笔者了解到的香港政府方面的态度来看，香港方面或许是把它看作一个行动纲领，虽然在深圳政府的建议下，双方的合作计划或许会把“在深港边境地区建立一个科技创新基地”写进备忘录，甚至，也不排除深港双方真的会共同创办一所全新的大学。
　　深圳虚拟大学园管理中心主任邱萱认为，“深港创新圈，可以把它看作在CEPA和泛珠的框架下的一个行动方案。”而深圳市科技局一名官员认为，既应该是一个实体，亦应该是一个行动纲领，更应该是一个概念。
　　按照内地的运作习惯，深圳市政府首先追求深港创新圈纳入国家战略。不过去年底科技部一名司局级官员回应对深港创新圈上升为国家战略持何态度时，明确地说，深圳确曾向科技部提出过这一申请，但后来深府方面撤回申请，改为申请成为“国家自主创新示范城市”。
　　如果仅申请“深港创新圈”，那显然得由香港和深圳共同向中央政府提出计划。没有香港作为理由，中央政府在现时的政治生态下，不大可能再给深圳任何让中西部地区反感的偏爱政策。
　　也许是香港方面并不热衷于将他们还没有弄清楚的“深港创新圈”急于提升到国家层面？无论是港府官员，还是一些操作层面的人，他们都倾向于香港和深圳先做再说。不过无论如何，在香港公布的“十一五行动纲领”里，已明确将“深港创新圈”列入其中。