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斯氏艾美耳球虫子孢子呈香蕉形，外被三层膜组成的表膜，有前后极环；顶复合器具典型结构，棒状体为８根；核一个，位于虫体前半部，含一个偏心核仁；相当于核中部水平位置的表膜上，见有一微孔；折光体在核后，呈球形，约占子孢子纵长的２／５；尾部常见一兔尾巴式的结构，构成方式类似阿米巴的伪足，是由被表膜的胞质向外突出形成的；胞质中见有许多管泡状线粒体和一些电子致密体。