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为解决跳频通信过程中LFM干扰信号抑制问题，提出一种基于FrFT的LFM干扰抑制算法，利用FrFT时频面坐标轴旋转性质，通过计算信号的不同阶次FrFT并搜索其峰值，确定信号最优FrFT阶次，完成对LFM干扰信号的判别，进一步采用频域陷波实现对LFM干扰信号的抑制。仿真结果表明，该算法能有效抑制跳频信号中的LFM干扰信号，提高信号的最小均方误差。