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科学的渠系配水决策可减少渠系输水过程中的渗水损失，提高渠系水利用率。本文在分析渠系配水优化编组模型特点的基础上，针对基于固定惩罚函数遗传算法的模型求解方法中存在的量纲难以统一、搜索精度不高和过早收敛到局部最优解的问题，引入动态罚函数来处理约束条件，提出了基于模拟退火遗传算法的模型求解方法。通过灌区实际配水编组决策应用实例验证表明，本文方法收敛速度快，计算精度高，确定的下级渠道配水时间搭配合理，上级配水流量均匀，具有较高的工程应用价值。