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选用240条随机引物，从中筛选出6条对棕色棉新彩1、新彩2和绿色棉新彩3、新彩4及47个彩色棉品种间杂种作了RAPD多态性分析，并在棕色棉、绿色棉和棕绿彩棉3个水平进行聚类和相似性分析。结果表明，棕色棉之间、绿色棉之间及棕绿彩棉之间的遗传距离和相似性差异不显著，它反映了棕、绿彩棉之间的遗传基础比较狭窄，遗传多样性水平相当。可能是因为共同的基础种质资源、相同的育种目标及相近的育种方法造成此结果。