【摘 要】
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SNP基因分型芯片是分子育种的重要工具,高密度SNP芯片往往存在标记冗余、价格高、目标性不强等问题,是分子育种走向常规化、规模化的主要限制因素之一.本研究介绍了一款新开发的低密度育种芯片,并就芯片在种质资源评价中的价值进行了分析.首先,对37份玉米自交系进行10×重测序,获得了18.2 Mb的SNP标记,从中挑选2080个SNPs;再从已开发55 K芯片中挑选3390个缺失率低、多态性高、标记类型为高多态分辨率的标记;最后从HapMap3中挑选586个标记,设计的育种芯片共包含6056个SNPs,采用靶向
【机 构】
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中国农业科学院作物科学研究所,北京100081;中玉金标记生物(北京)技术股份有限公司,北京102206;中国农业科学院作物科学研究所,北京100081;中玉金标记生物(北京)技术股份有限公司,北京1
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SNP基因分型芯片是分子育种的重要工具,高密度SNP芯片往往存在标记冗余、价格高、目标性不强等问题,是分子育种走向常规化、规模化的主要限制因素之一.本研究介绍了一款新开发的低密度育种芯片,并就芯片在种质资源评价中的价值进行了分析.首先,对37份玉米自交系进行10×重测序,获得了18.2 Mb的SNP标记,从中挑选2080个SNPs;再从已开发55 K芯片中挑选3390个缺失率低、多态性高、标记类型为高多态分辨率的标记;最后从HapMap3中挑选586个标记,设计的育种芯片共包含6056个SNPs,采用靶向测序基因型检测(GBTS,genotyping by target sequencing)技术对标记进行检测.通过自然群体、双亲群体和多亲本重组自交系(MAGIC,multiparent advanced generation inter-cross)群体验证表明,育种芯片检测到的原始设计位点数为4773～5967个,自然群体中最小等位基因频率(MAF,minor allele frequency) ＞0.4和多态性信息含量(PIC,polymorphism information content) ＞0.4的标记比例分别为57.6％和88.6％,MAGIC群体平均捕获率为70.6％.用该芯片对226份玉米种质资源进行评价,主成分分析可以将其划分为温带和热带两大类群,UPGMA聚类分析进一步将其划分为6个已知类群,分别是瑞德、兰卡斯特、PB、旅大红骨、四平头和热带类群,利用Structure软件进行群体结构分析,没有出现最佳K值,但热带材料都独立成群;类群内和类群间的遗传距离平均值分别为0.394和0.471,其中PB群内的遗传距离最小(0.316),热带类群内的遗传距离最大(0.424);类群间,瑞德与热带之间的遗传距离最大(0.493);类群间的遗传分化系数(FST)表明,PB类群与其他类群间的FST均较大.
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小麦-冰草远缘杂交后代品系普冰10696具有多粒的遗传特性.为深入了解其多粒性状形成的发育进程,本研究以多粒品系普冰10696和黄淮冬麦区主推品种为供试材料,通过解剖学和统计学方法比较小花分化、退化和结实的动态进程差异,进一步解析冰草多花多粒的特性,为多粒基因型材料在育种中的应用提供理论参考.农艺性状比较结果显示,普冰10696的多粒特性来自小穗粒数的提高,并且未降低千粒重.幼穗发育特性分析表明,普冰10696的幼穗分化具有启动早和持续时间长的发育特性;普冰10696的小花发育具有分化速率快、退化慢的特性
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深海重力流沉积是沉积物在重力作用下沿大陆架、大陆坡或岛坡向深海盆地搬运的重要沉积过程,在“源-汇”研究中占有重要地位,且与油气和天然气水合物成藏具有密切关系.根据新采集的二维多道地震数据,对中沙海槽开展了层序地层学研究,分析了中沙海槽重力流的地震相和时空分布特征,结合区域构造和沉积背景,讨论了中沙海槽重力流沉积的成因机制.研究表明,中沙海槽内沉积地层可以划分出Sq1(古近系)、Sq2(下中新统)、Sq3(中中新统)、Sq4(上中新统)、Sq5(上新统)和Sq6(第四系)等6个地震层序.中沙海槽重力流沉积的
花生在世界粮油食品中占有重要地位,其种皮颜色有白色、红色、紫色、粉红色及花斑等多种颜色,花斑种皮花生是其独特的成员之一,具有便于区分的优良性状.本研究以花斑种皮花生VG-02为研究材料,结果表明与花斑种皮颜色合成相关差异表达的miRNA富集的代谢途径有苯丙烷生物合成、类黄酮生物合成、异黄酮的生物合成、昼夜节律植物.miRNA测序结果中共筛选出86个差异表达miRNA,其中20个差异表达的miRNA与花生花斑种皮颜色合成相关.其中包括4个共同靶向花青素、类花青素和IFS2靶基因的miRNA,即miR_8、m
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