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卫生部、财政部组织的2012年度国家临床重点专科建设项目评选活动中，我校附属协和医院普通外科、烧伤科及附属第一医院神经内科获批成为国家临床重点专科，至今我校共有6个专科入选国家临床重点专科。此次评选活动中，福建省共有5个入选（其中福建医科大学附属协和医院2个、福建医科大学附属第一医院1个、福建省立医院1个、厦门大学附属厦门眼科医院1个）。