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为了阐明国产穿心莲的遗传多样性以及探讨遗传背景对穿心莲药材质量的影响,利用110对SRAP引物和1对SNP特异性引物,对我国7个省份13个样地的103份穿心莲样品进行遗传多样性分析。采用Powermarker V3.25和Mega6.0软件分析群体的遗传结构,Codon Code Aligner软件分析功能基因单核苷酸多态性变异。聚类分析结果表明各穿心莲样品的遗传距离范围为0.01~0.09,CPS基因片段中未检测到SNP位点,国产各地穿心莲种质间遗传多样性较贫乏,这与穿心莲严格的自花授粉繁殖特性、我国各地引种穿心莲种源来源单一密切相关。遗传背景并非影响各地穿心莲质量差异的主要原因,穿心莲的良种选育以采用突变育种、多倍体育种和分子育种等方法为宜。