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高等学校院系治理结构的优化是高等学校长足发展的基础。通过分析当前我国高校院系治理结构存在的党政不分、行政集权化、学术权力虚空化、本位意识严重等问题,建议高校院校治理模式采用党政联席会议制度、院务会议制度、院党组织会议制度、教授委员会制度、二级教代会制度等治理制度,充分发挥学校各组织单位职能,为我国高校管理方式提供参考,实现高校的可持续发展。