目的分析Walvax-2细胞基质培养甲型肝炎病毒(hepatitis A virus,HAV)YN5株的遗传稳定性。方法将HAV YN5株在Walvax-2细胞中于35℃连续适应培养,取P24、P27、P29、P35和P40代病毒,提取RNA,以其为模板进行RT-PCR扩增,并测序。采用生物信息学软件DNAMAN、Vector NTI、BioEdit等进行序列分析,与GenBank中登录的标准株HM175(M14707)进行同源性比较。结果 5代病毒全基因组间的核苷酸序列同源性为100%。与标准株HM175比较,5代病毒基因组5′-NCR(101～200 bp)片段的124和152位发生突变,且存在134～137 bp缺失;2A(3 012～3 210 bp)片段的3 025和3 196位发生突变,其中,3 025位点A变为T,与标准株HM175 VP1/2A(3 024～3 191 bp)的差异小于7. 5%,基因亚型与其相同,均为IB型;2C(3 986～4 960 bp)片段的4 043、4 087、4 185、4 222、4 563、4 802、4 880位点发生突变。5代病毒与标准株HM175氨基酸序列同源性为99. 4%,共有29个氨基酸发生突变,主要抗原位点与标准株HM175完全一致。结论 Walvax-2细胞基质培养HAV YN5株可保持良好的遗传稳定性,有望用于甲肝疫苗的研发及生产。