以新能源技术创新驱动的能源系统性转型是实现中国2060年“碳中和”目标、能源高质量发展与后疫情时期“绿色复苏”三重新形势新要求下的重要支撑。本文利用2000—2019年中国30个省域面板数据，将基于改进能值法测算的生态足迹纳入全要素生态效率投入指标体系中，通过空间杜宾模型探究了新能源技术创新对于地区全要素生态效率的动态空间影响，进而分别以区域经济发展水平、能源政策规划以及市场化水平为门槛变量，利用面板门槛模型探究新能源技术创新与全要素生态效率之间复杂的非线性关系。研究结果表明：首先，空间相关性检验显示中国省际间生态效率与新能源技术创新活动均呈现出“高-高”与“低-低”型空间集聚特征；其次，空间计量结果显示新能源技术创新对于区域全要素生态效率存在显著的“U”型的空间效应，且空间溢出效应强于直接效应、长期影响强于短期影响；最后，门槛模型回归结果显示新能源技术创新与区域全要素生态效率之间存在着以经济发展水平、能源政策规划、市场化水平为门槛变量的非线性关系。总体上，高经济发展水平区间、高能源政策规划区间以及高市场化水平区间为激发新能源技术创新有效推动区域全要素生态效率的最优区间。在对实证模型进行稳健性检验后，本文提出了打造新能源技术创新科技园、促进能源技术开放式创新以及建立良好的新能源技术创新“小生境环境”等相关建议。