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2001年12月13日江苏省南通市机构编制委员会正式批复同意建立"南通市农产品质量检验测试中心",2002年12月26日区域性"江苏省农产品质量检验测试南通中心"正式揭牌,2004年2月9日中心被列入全国第三批无公害农产品认证委托的检测机构.2005年1月20日中心通过省级实验室监督评审.