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为评估金沙江下游重要替代生境黑水河受人为干扰的实际情况,以2016～ 2018年金沙江下游黑水河鱼类资源连续调查数据,分析了渔获物种群结构及多样性特征,构建了基于鱼类生物完整性指数的评价体系.研究表明:群落中存在红尾副鳅(IRI=6370)、横纹南鳅(IRI=2418)、短须裂腹鱼(IRI=1285)、前鳍高原鳅(IRI=788)和贝氏高原鳅(IRI=715)等9种优势种,特有物种占比较高,华西区和华南区鱼类区系存在度较高.确定了鱼类总种类数、鲤科鱼类物种数百分比、植食性鱼类个体百分比、杂食性鱼类个体百分比等4个主评指标;黑水河生物完整性保存较差,河流中下游及河口江段生态健康状况优于其他江段,在河流内部源头和中上游完整性指数处于差等级.评价结论与人工采砂、过度捕捞、引水式水电开发等实际人为干扰相吻合,以鱼类为指示物种实施了人工增殖放流、流域禁渔、拆除老木河闸坝、河道内栖息地改善、下泄流量监控等一系列水生态系统恢复和保护实践,长期开展监测与评估可验证黑水河鱼类栖息地生态修复工程的适应性效果.