蔡清对河洛之学用功颇深,就河洛问题提出了一套较为完整的独到见解。首先,将河图与太极图结合在一起来看,认为河图所展现的就是太极生阴阳五行的动态过程,赋予河图生生不息的宇宙大化流行之内涵。其次,针对河图配八卦过程中产生的矛盾,蔡清以“阴之老少主静而守其常,阳之老少主动而通其变”来解释。认为河图中蕴含着阳动阴静之妙,与天地契合,体现造化之妙用。朱熹、蔡清等人将河图、洛书视为作《易》之源,有一定的合理性,因为体现这两图本质内容的十数图和九数图在先秦即与阴阳、五行、四时以及术数皆有紧密联系。蔡清关于河图、洛书的一系列思想,既是对易学本身的发展,对探讨易学起源有一定的启发意义,同时也为宋明理学的发展做出了一定的贡献。此外,蔡清关于作《易》之源非止一端的思想,也值得予以重视。