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基于企业理性经济人假设，完善的创新系统将不再关注主体创新能动性的培养，而将注意力放在自主创新能力的区域建设上，从而提高创新成功的可能性。这其中区域金融发展对区域自主创新能力建设所起作用至关重要，二者协调性值得我们关注。基于金融发展的区域自主创新能力X效率研究为这一领域研究提供依据，通过运用2003～2009年中国省级面板数据，采用非参数Malmquist指数方法，以东北三省为例，对二者协调性进行分析，发现东北三省总体来说金融发展对自主创新能力的X效率仍有待于进一步提高，而东北三省各自所面对的问题又不相同，有针对性地采取不同措施对于东北老工业基地振兴意义重大，也为适应其自身改革发展的迫切要求，最终实现我国整体科技、经济、社会持续协调发展提供路径支持。