【摘 要】
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个体单体型MSR（minimumSNPremoval）问题是指如何利用个体的基因测序片断数据去掉最少的SNP（single—nucleotidepolymorphisms）位点，以确定该个体单体型的计算问题对此问题，Bafna等
【机 构】
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中南大学信息科学与工程学院,湖南师范大学物理与信息科学学院
【基金项目】
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Supported by the National Natural Science Foundation of China under Grant No.60433020 （国家自然科学基金）, the Program for New Century Excellent Talents in University of China under Grant No.NCET-05-0683 （新世纪优
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个体单体型MSR（minimumSNPremoval）问题是指如何利用个体的基因测序片断数据去掉最少的SNP（single—nucleotidepolymorphisms）位点，以确定该个体单体型的计算问题对此问题，Bafna等人提出了时间复杂度为O（2^kn^2m）的算法，其中，m为DNA片断总数，n为SNP位点总数，k为片断中洞（片断中的空值位点）的个数由于一个Mate—Pair片段中洞的个数可以达到100，因此，在片段数据中有Mate—Pair的情况下，Bafna的算法通常是不可行的．根据片段数据的
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