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真菌学科所研究的真菌至少包括50000种，其中多数在自然界有机物循环中起重要作用。在医学真菌中，真菌的次级代谢产物如抗生素以及免疫抑制药物如环孢素，均已被用于医疗。此外，酵母已作为一种模式生物进行基因组学、蛋白质组学、代谢组学的研究对象，例如目前研究蛋白质一蛋白质相互作用中，酵母双杂交体系对推动生命科学卓有贡献。与人类疾病密切相关的真菌种类仅为几十种。