第一，2000年成立了全国最早的认知科学团队——清华大学认知科学团队。团队由哲学和逻辑学、语言学、心理学、人类学、计算机科学和神经科学六大学科中来自清华大学人文社科学院、信息学院、医学院以及中国科学院心理研究所、中国社会科学院语言研究所和国际一流大学的近20名专家学者组成，形成了多学科、跨学科、跨系统、跨单位、国际化的认知科学研究队伍。其主要成员包括蔡曙山、杨英锐、白晨、衣新发、张寅生、尹莉、郑美红、江铭虎、高上凯、高小榕、张钹、孙茂松、马少平、刘国松、张建伟、傅小兰、沈家煊等，以及研究生邱惠丽、张君、王志栋、周允程、宋春艳、王思敏、吴树仙、张玲、刘剑凌、冯雪、谢晓燕、唐芳芳、韩旭、易源俏、李富强、杜娟等。
　　第二，2004年在教育部人文社会科学985重大创新基地建设中，获得教育部985重大创新基地项目支持，成立了清华大学认知科学创新基地，在认知科学研究、认知科学教育和课程建设以及人才培养方面取得了一系列重大标志性成果，如出版《清华大学认知科学研究系列丛书》《清华大学认知科学译丛》；主办第十三届国际逻辑学、方法论和科学哲学大会；在《科学通报》《中国社会科学》等国内学术期刊、国际学术期刊和学术会议发表一系列重要学术论文；指导研究生在欧美一流大学进行访问和合作研究，进行国际学术交流；王志栋、唐芳芳等多人获得清华大学优秀博士论文和优秀硕士论文。
　　第四，20世纪90年代以来，相继创立言语行为和语用逻辑（蔡曙山，1997，1999，2000，2002）认知逻辑的学科框架（蔡曙山，2006，2007，2009）、科学发现的心理逻辑模型（蔡曙山，2013）和人类认知五层级理论（蔡曙山，2015，2016），用以指导本研究团队的认知科学研究。
　　第五，2011年，由清华大学、北京大学、中国科学院生物物理研究所等25家科研单位共同发起的中国认知科学学会在北京宣布成立，这标志着认知科学作为一门独立的、成熟的学科将在中国得到更加深入的发展。大会选举了中国认知科学学会第一届理事会成员，清华大学认知科学团队负责人蔡曙山当选第一届理事会理事。
　　第六，2015年，蔡曙山领导的清华大学认知科学研究团队与张学立领导的贵州民族大学认知科学团队合作，获得教育部哲学社会科学重大攻关课题研究项目“认知科学的重大理论和应用研究”、国家社会科学基金重大项目“语言、思维、文化层级的高阶认知研究”（15ZDB017）等重大项目支持，资助经费80万元。2017年，国家社会科学基金重大项目通过中期评估并获得滚动资助，资助经费60万元。项目的开展推动了该团队在认知科学研究和理论创新上的进程。