针对现有关于合作创新研究存在的缺乏对能力定量化内在性关注、结果较为粗浅、解释力较差等不足,文章选取泛珠三角九省区为研究对象,依据2015年的样本数据,引入能力结构关系模型,开展旅游创新能力结构、能力结构耦合度及其利益分配的测度,深入分析综合创新能力结果基础上,探讨合作创新耦合度以及合作创新获益分配格局形成的原因。研究认为,泛珠三角区域旅游业创新能力存在较大差异,空间发展极不均衡,创新要素跨区域流动存在阻碍,区域内合作创新范围和效率不高。广东省和其他省区合作创新的耦合度偏低,属低程度耦合,而广西、海南与其他省区合作创新的耦合度偏高,合作创新的可能性大;两省区之间旅游合作创新的可能性会受创新能力相似性与地理邻近因素影响。广东省与其他省区旅游合作创新的总获益值最高,但合作较不稳定,江西、贵州、广西这些综合能力比较相似的省区间获益比接近于1,进行旅游合作创新最稳定。基于此,提出推动泛珠三角区域旅游合作的3点对策建议。