【摘 要】
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本研究基于新一代高通量测序技术平台Illumina HiSeq?4000对野百合进行转录组测序,对物种的转录组序列进行统计,并将得到的数据进行de novo组装,结果共获得47 605条Unigenes,总长度为33 972 306 bp,平均长度为713 bp,N50为 1 204 bp.将获得的 Unigenes 与 Nr、Swiss-Prot、KEGG 以及 KOG数据库进行比对,结果显示,分别有28 104、17 739、11 984及14 682条Unigenes成功注释.通过与KOG数据库进行
【机 构】
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陕西省西安植物园(陕西省植物研究所),西安,710061;陕西省科学技术情报研究院,西安,710061;陕西省西安植物园(陕西省植物研究所),西安,710061;陕西省植物资源保护与利用工程技术研究中
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本研究基于新一代高通量测序技术平台Illumina HiSeq?4000对野百合进行转录组测序,对物种的转录组序列进行统计,并将得到的数据进行de novo组装,结果共获得47 605条Unigenes,总长度为33 972 306 bp,平均长度为713 bp,N50为 1 204 bp.将获得的 Unigenes 与 Nr、Swiss-Prot、KEGG 以及 KOG数据库进行比对,结果显示,分别有28 104、17 739、11 984及14 682条Unigenes成功注释.通过与KOG数据库进行比对,可分为25个不同的功能注释.与GO数据库进行比对,结果显示,共有33 254条Unigene获得注释,这些功能注释分为三大类50个功能亚类.其中,生物过程最多.以KEGG数据库参考,共有11 984条Unigenes参与133条代谢途径分支,以代谢相关的通路较为集中,找到了与花青素合成关键酶的Unigenes.本研究极大地丰富了野百合的基因资源,为进一步开展野百合功能基因及分子标记育种等方面的研究提供了一定理论支持与依据.
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为研究银川羊角椒雄性不育两用系中不育系花粉败育的不同基因表达与代谢组学差异的关系.采用RNA-Seq技术对银川羊角椒雄性不育两用系的成熟期花药进行了转录组测序分析;并在UPLC-MS/MS检测平台和自建数据库的基础上,对其代谢物S进行定性定量检测分析.数据结果通过GO分类和KEGG富集分析表明:可育系(K)VS不育系(B),注释到显著上调差异基因800个,显著下调差异基因2 519个,总的差异基因数为3 319个.共检测到显著差异代谢物102个,其中下调差异代谢物34个,上调差异代谢物68个.氨基酸衍生物
HD-ZIP Ⅲ基因家族参与植物胚胎发生、分生组织形成、叶极性建立和维管组织分化等过程.本研究利用生物信息学方法,对HD-ZIP Ⅲ成员之一PHABULOSA(PHB)进行鉴定,在甘蓝型油菜、白菜和甘蓝中共获得7个PHB成员,并对其核苷酸和氨基酸序列的基本特征、结构域、保守基序、基因结构和系统进化关系进行了分析.结果表明,这些PHB蛋白编码不稳定的亲水性蛋白,所有成员均含有Homeobox、bZIP、START和MEKHLA保守结构域,PHB位点在三个物种间的进化符合禹氏三角理论.序列分析及测序结果显示白
本研究通过对优质丰产滇型杂交粳稻‘滇禾优34’杂种F1群体中不育株进行分类调查,结合骨干恢复系‘南34’及其Rf1恢复基因功能丢失突变体基本农艺性状和生物信息学分析,初步探明恢复系恢复基因功能丢失的现象和成因.结果表明,‘南34’的自然突变致使恢复基因Rf1功能丧失是导致‘滇禾优34’杂种F1群体出现不育株(两年占比分别为0.26％和0.79％)的主要因素;‘南34’野生型的结实率相对于其突变体无明显差异,在花粉育性、株高、穗长、粒长性状上野生型略高于突变体,在粒宽性状上突变体略大于野生型.通过克隆恢复系
水稻生殖生长期早衰严重影响水稻产量与品质.本研究利用甲基磺酸乙酯(EMS)诱变粳稻品种花晴稻(Hwacheongbyeo,野生型),获得了水稻生殖生长期叶片早衰突变体,命名为es-h(early senescence-Hwacheongbyeo).表型鉴定结果表明,该突变体从抽穗后开始叶片出现锈斑,随着灌浆进程急剧枯萎,到抽穗第五周整株枯死.农艺性状分析结果表明,与野生型相比,es-h突变体的抽穗期、穗长、穗颈度和有效分蘖数均无显著变化,而株高、每穗粒数、结实率及千粒重则显著降低.光合生理指标测定结果表明
茉莉酸(jasmonic acid,JA)已被认定为新型植物激素,广泛参与植物的生长发育和胁迫响应等过程,丙二烯氧化物环化酶(AOC)是茉莉酸合成途径中的关键酶.为探明花生基因组中AOC基因信息及表达特征,本研究利用生物信息学方法鉴定了花生AOC基因家族,并分析其理化性质、系统进化树、染色体分布、结构特征以及在22个不同组织中和胁迫下的表达模式.结果表明,花生栽培种含有9个AOC基因,野生种各含有4个AOC基因.这些基因不均匀分布在不同染色体的两端,进化树分析显示17个基因聚为4组,且同组基因具有相似的基
NF-YA家族基因在植物生长发育过程中发挥重要作用,如调控种子发育和种子萌发,响应干旱和盐胁迫等.本研究利用生物信息学手段从亚洲棉全基因组鉴定NF-YA家族基因,并从理化性质、基因的内含子和外显子结构、氨基酸序列的功能结构域、系统进化发育特征、在染色体的分布和表达模式等方面分析了该家族基因的特征.结果表明:GaNF-YA包含15个成员,分布在9条染色体上,编码蛋白质长度为160～1 079个氨基酸,相对分子质量为17.92～120.30 kD,包含外显子4～6个,为碱性.亚洲棉NF-YA基因可分为三组,且
VQ蛋白是参与调控植物生长发育的一类重要蛋白,在植物中高度保守,因其可以与WRKY转录因子相互作用,近年来被广泛关注.目前,关于VQ基因家族在黄瓜中的研究鲜有报道.本研究采用生物信息学技术对黄瓜VQ基因进行系统研究,并对其编码蛋白的结构、性质、亚细胞定位和进化关系进行了分析.结果表明,黄瓜VQ基因家族由26个成员组成,且多数CsVQs编码的蛋白呈现中性或偏碱性,并由含单外显子的基因编码,定位在细胞核上.26个VQ基因均存在保守的缬氨酸(V)和谷氨酰胺(Q)基序,共同含有核心基序FxxxVQx(LNV/F)
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