博尔塔拉河流域是典型的干旱区内陆河流域，正面临着因气候变化、人为活动干扰所造成的生态环境恶化现象。景观生态风险评价是评估生态系统变化与城市建设发展相互作用的有效工具，对生态脆弱的西北干旱地区进行全面的景观生态风险评价以作为城市建设必不可少的依据。基于2000、2010、2020年3期土地利用数据和DEM高程数据，对博尔塔拉河流域进行流域划分，以子流域为景观生态风险评价单元，联用Arc GIS、Fragstats和Geo Da软件计算得到景观生态风险指数及其空间分布特征，构建景观生态风险指数评价模型，对博尔塔拉河流域进行景观生态风险综合评价。结果表明：2000—2010年，研究区内大面积草地、湿地、森林等类型的退化是造成景观生态风险恶化的直接原因，这和第一、二产业的快速发展、无序垦荒、过度放牧等人类活动干扰有极大的关系。2010—2020年，随着国家对生态治理的高度重视，多种防治手段并行，景观生态风险等级大幅度降低，整体景观生态风险指数值呈降低趋势。整个研究期间，生态环境局部改善与部分退化并存，博尔塔拉河流域的景观生态安全情况不容乐观。未来建议从改善产业结构、推动绿色经济体系发展入手，同时针对不同风险区制定合理改善策略。