目的了解2012-2013年浙江省手足口病流行特征和病原构成,为手足口病防控工作提供参考。方法收集2012-2013年浙江省手足口病疑似患者粪便、咽拭子、疱疹液标本,采用实时荧光RT-PCR对收集样本进行HFMD病原体检测。结果 2012-2013年共采集样本1 792例,患者以5岁以下散居儿童为主;浙江省手足口病发病高峰期在5~6月份,9月份出现发病次高峰;肠道病毒总检出率为72.9%,其中2012年浙江省手足口病优势病原体为EV71(40.3%),其次为CoxA16(31.3%),2013年浙江省手足口病优势病原体为其他肠道病毒(77.2%)(非EV71和CoxA16),以CoxA6为主(51.3%)。不同样本类型中,肠道病毒检出率依次为疱疹液(100.0%)、粪便(76.2%)和咽拭子(65.1%)。结论手足口病的流行具有季节性和人群性,不同年份引起手足口病的优势病原体存在变化,持续地病原监测有助于预防和控制手足口病的流行暴发。