【摘 要】
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根据畜禽基因组信息,模拟了1条染色体测序数据、中密度和高密度SNP芯片数据。利用Beagle和FImpute将SNP芯片填充至测序数据,提出了一步法和两步法2种填充策略。结果表明,直接
【机 构】
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中国农业大学动物科学技术学院,农业部动物遗传育种与繁殖重点实验室,国家畜禽育种工程实验室
【基金项目】
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高等学校博士学科点专项科研基金资助项目(20110008110001);国家现代农业产业技术体系生猪产业技术体系资助项目(CARS-36);北京市科技计划项目(D15110004615004)
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根据畜禽基因组信息,模拟了1条染色体测序数据、中密度和高密度SNP芯片数据。利用Beagle和FImpute将SNP芯片填充至测序数据,提出了一步法和两步法2种填充策略。结果表明,直接将中密度芯片填充至测序数据的一步法策略填充准确性较低,当公畜为参考群体时,两步法策略将后裔填充准确性由一步法时的0.691提高至0.863;当不同规模母畜为参考群体时,一步法策略下半同胞填充准确性为0.553～0.664,而两步法策略则大幅度提高到0.832～0.866。随着参考群体的增加,SNP芯片到测序数据的填充准确性可
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