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【目的】探索大豆根腐病主要病原菌分子检测方法，为复合侵染病害的进一步深入研究及大豆根腐病的科学防治奠定基础。【方法】采用病原菌rDNA—ITS区段序列分析对各病原菌种进行分子验证，采用病原菌特异性引物对大豆根腐病各病原菌种进行分子标记，以特异性引物分子标记技术建立多病原的分子判别体系。【结果】通过序列比对使收集到的7种大豆根腐病致病菌（立枯丝核菌、瓜果腐霉菌、尖孢镰孢霉、禾谷镰孢霉、茄腐镰孢霉和茄腐镰孢霉蓝色变种、燕麦镰孢霉）的鉴定结果得到分子验证；采用6种针对各病原菌种的引物（茄腐镰孢霉和茄腐镰孢霉蓝色