【摘 要】
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目的 应用生物信息学软件预测分析结核分枝杆菌PPE2蛋白的结构与功能。方法 从NCBI中获得PPE2序列及其编码基因序列,通过OFR Finder、ProtParam、ProtScaleon Expasy、TMHMM Sever v.2.0、SignalP 4.1 Sever、PSORT、NetPhos 3.1 Sever、BLAST、SOPMA、SWISS-MODEL、ABCpred、SYFPE
【机 构】
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石河子大学医学院病理生理学教研室“新疆地方与民族高发病”教育部重点实验室
【基金项目】
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国家自然科学基金项目(No.82060021); NSFC-新疆联合基金项目(No.U1803127); 兵团重点领域科技攻关计划项目(No.2018AB019); 石河子大学2020年度自主资助支持校级科研立项项目(No.ZZZC202013A);
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目的 应用生物信息学软件预测分析结核分枝杆菌PPE2蛋白的结构与功能。方法 从NCBI中获得PPE2序列及其编码基因序列,通过OFR Finder、ProtParam、ProtScaleon Expasy、TMHMM Sever v.2.0、SignalP 4.1 Sever、PSORT、NetPhos 3.1 Sever、BLAST、SOPMA、SWISS-MODEL、ABCpred、SYFPEITHI等工具预测分析PPE2编码蛋白的生物学结构与特性。结果 PPE2蛋白由556个氨基酸组成,相对分子质量为56 951.97×10~3,等电点4.78,为亲水性蛋白,无跨膜区域及信号肽;编码基因Rv0256c总长度为1 671 bp,有10个开放阅读框架;PPE2蛋白有53个磷酸化位点,1个保守结构域;蛋白二级结构中α-螺旋占41.91%,β-折叠占11.33%,β-转角占3.96%,无规则卷曲占42.81%;有57个(得分>0.5)B细胞抗原表位和113个(得分>15)T细胞抗原表位。结论 PPE2蛋白为亲水蛋白,具有潜在的T、B细胞抗原表位,可作为研发结核病疫苗的候选蛋白。
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