对目前已发表下毛目纤毛虫的200个属级阶元进行了重新修订.给出新修订的下毛目系统,并根据其纤毛图式和形态发生特点将其归为5亚目20科82属.原下毛亚目Protohypotrichina suborder nov.,翁柯虫科Onychodromusidae fam.nov.,腹柱虫科Gastrostylidae fam.nov.和拟角毛虫属Parakeronopsis gen.nov.为新设,给出了下毛目中各亚目和科的特征简述及亚目及科的检索表.各属的特征以特征简述、检索表以及属的模式图的形式介绍之.新立原下毛亚目Protohypotrichina suborder nov.,并对排毛亚目Stichotrichina中的科属进行了重新修订.原下毛亚目的特征为无明确缘棘毛分化;排毛亚目的特征为无明确额腹横棘毛分化,腹棘毛为长的纵列,数目多,形式多样.修订后的原下毛亚目含2科3属,排毛亚目含5科29属.各科的基本特征分别为:原毛虫科Phacodinidae无明确体棘毛和背触毛的分化;凯毛虫科Kiitrichidae体纤毛器背腹有明确分化,有原始的背触毛分化;旋毛虫科Spirofilidae腹棘毛旋列或斜向排列;卡尔虫科Kahiellidae左、右缘棘毛均2至多列;小双虫科Amphisiellidae具1纵向排列的腹棘毛列;角毛虫科Keronopsidae具2列纵向排列的腹棘毛,通常无额棘毛及横棘毛的分化;翁柯虫科Onychodromusidae腹棘毛通常多列,一般有额、腹、横棘毛的初步分化;给出了各科及属的检索表,并附各属纤毛图式,对部分属进行讨论.